实际上，申报比对管理就是指税务机关以信息化为依托，通过优化整合现有征管信息资源，对增值税纳税申报信息进行票表税比对，并对比对结果进行相应处理。说直白一些，就是对增值税申报数据进行逻辑关系校验，帮助纳税人准确完成增值税申报表的申报。

根据规程的规定，税务机关会在纳税人完成申报后，对以下几点进行比对：

1.表内信息，即增值税申报表及其附列资料信息。

2.发票信息，即纳税人开具的增值税发票信息。

3.进项信息，即增值税一般纳税人取得的进项抵扣凭证信息。

4.缴税信息，即纳税人税款入库信息。

5.备案信息，即增值税优惠备案信息。

6.申报比对所需的其他信息。

新政实施后，金税三期系统会实现表表比对、票表比对和表税比对三种比对方式

所谓表表比对，顾名思义就是指申报表表内、表间逻辑关系比对，即主表、附表与附列资料之间的逻辑比对。

所谓票表比对，就是指各类发票、凭证、备案资格等信息与申报表进行比对，即发票、凭证以及备案资格等信息和申报表内填写信息的比对。

所谓表税比对，指的是纳税人当期申报的应纳税款与当期的实际入库税款进行比对，即申报表内产生的应纳税款与纳税人实际缴纳入库税款的比对。

1、表表比对，按照申报表填写规则执行。

2、票表比对，按照一般纳税人和小规模纳税人区分，有着不同的比对规则。

3、表税比对，纳税人当期申报的应纳税款≤当期实际入库税款。

4、其他规则，税务总局还可以根据增值税风险管理的需要，对申报表特定项目设置申报比对规则；根据文件规定，各省国税机关也可以根据申报比对管理实际，合理设置相关比对项目金额尾差的正负范围；主管税务机关可以结合申报比对管理实际，将征收方式、发票开具等业务存在特殊情形的纳税人列入白名单管理，并根据实际情况确定所适用的申报比对规则。